La gouvernance du GIP est assurée par trois instances délibérantes : le Comité Exécutif, le Conseil d’Administration et l’Assemblée Générale. Ces instances statuent sur les demandes de subventions, le Programme Annuel d’Activités du GIP et le budget correspondant, et vérifient la cohérence des actions du GIP avec les missions définies par la loi du 28 juin 2006.
Bien qu’étant un organisme autonome, le GIP est soumis au contrôle du Commissaire du Gouvernement (Préfet) et de l’Autorité chargée du Contrôle Economique et Financier de l’Etat (Administrateur Général des Finances Publiques), à celui des juridictions financières, et à celui du Comité de Haut Niveau.
En sa qualité de gestionnaire de fonds publics, les décisions du GIP font l’objet d’une publicité permettant d’assurer la visibilité de son action et la traçabilité de l’utilisation des fonds.